Am 13. Oktober 2000 schlägt ein Meteorit in der Antarktis ein. Die Polkappen schmelzen und es folgen Elend, Unruhen, Bürgerkriege und die Halbierung der Weltbevölkerung. Soviel zur Geschichtsschreibung.
15 Jahre später wird Ikari Shinji (14) von seinem Vater, den er lange nicht gesehen hat, zu sich gerufen. Glücklich darüber Anerkennung zu finden und in Selbstzweifel, ob er die an ihn gestellten Erwartungen erfüllen könne, stellt er bei seiner Ankunft fest, dass Tokyo3 bedroht wird. Den Mut verliert er, als er erfährt, dass ausgerechnet er in einen von seinem Vater bereitgestellten Mecha, genannt EVA, steigen und gegen den feindlich gesinnten 'Engel', wie man das Monstrum nennt, welches die Stadt bedroht, kämpfen soll.