Den Kern der Story bilden die "Diclonius", sie scheinen die nächste Stufe der Evolution zu sein. Es sind Wesen mit hornähnlichen Verformungen an ihren Köpfen. Sie besitzen starke telekinetischen Kräfte, die sich in Form von unsichtbaren Armen ausbilden. Mit diesen Kräften könnten sie mit Leichtigkeit die Menschheit ausrotten. Aus Angst davor werden einige Diclonius von Geburt an (sie können ihre Kräfte nicht sofort benutzen) eingesperrt, um sie besser studieren zu können. Die anderen werden sofort getötet. Eines Tages kann eine der Diclonius entkommen (Lucy). Auf ihrer Flucht schlägt sie sich eine blutige Schneise durch die Reihen der Wachmänner. Sie wird jedoch zum Schluss schwer am Kopf verletzt, stürzt ins Meer und als sie wieder zu sich kommt, hat sie ihr Gedächtnis verloren und ist wieder so unschuldig wie ein Kind. Lucy wird von Kouta und Yuka an einem Strand aufgelesen. Von Kouta und Yuka wird sie von nun an Nyuu genannt, da sie nichts anderes mehr sagen kann als eben „Nyuu“. Von da an leben diese drei zusammen in einem Haus ohne von den drohenden Gefahren zu wissen, die auf sie noch lauern werden.
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